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[组图]2分钟学会UVP的凝胶电泳分析软件         ★★★

作者:hbchendl 文章来源:丁香园 点击数: 更新时间:2007-11-1

在各个论坛上看以过许多凝胶电泳分析的软件,但没有UVP使用的Labwork的介绍。

如果你购买了UVP的凝胶电泳拍摄及分析系统,上面就会带一个labwork分析软件。打开这个软件你就可以发现其界面非常熟悉,原来这就是Media Cybernetics公司利用Imageproplus程序的内核专门应用于分析凝胶电泳图片的软件。上面还有许多Imageproplus的功能呢。


分析电泳图片还是很简单的,两分钟就能学会,只要在那个1D-Gel工具条从上往下一个一个点开来设置一下就OK。

打开一个图片后,先要把图片上的电泳条带摆得横平竖直,加样孔处于图片上方。这一步只要点第一个菜单rotate,然后用鼠标转图片就是。

第二步是指定泳道。点Lanes.利用弹出的菜单可以删掉或添加泳道,用鼠标可以拖动泳道位置,还可以在泳道上下边拖来延长或缩短泳道长度。

泳道宽度设置时,先勾上Uniform lanes width,然后在最上面的lanes width上把数值加大或减小一些。让选择泳道宽度框全部覆盖住条带。


设置完了泳道,再设置条带。

占bands菜单,在dark bands bright background与bright band dard background之间选一个(DNA凝胶是白带黑背景,蛋白质凝胶是黑带白背景),min band height设一个稍大的值(别太小,否则自动找到一大堆条带还得一个个删)。

点一下find band。就自动找到一些明显的条带了,用add 和delete band按纽加上未找到的条带,删掉误识别的条带。这个操作也很简单,点add band按纽,出来一个新对话框,不理它,可以在电泳照片上认为该有条带的地方点一下,就强迫加上了一个条带。还可以在lane frofile窗口的曲线上准确找到峰顶位置点一下加上条带。加完后点OK回到band窗口。

注意每个条带也有一个计算范围,可在曲线上拖它的上下边界。这个边界的选择要仔细。一方面尽量让各条带的范围一致,另一方面则是选择条带光密度峰的山脚处作为边界。这两者很难同时满足。经常得牺牲一方面。


设置完泳道与条带,下一条是设置背景。前面还有个加样孔位置要设置,因为我们已经把加样孔放到上方了,就不必设置它了。

背景的较正方法有许多选择,但只有一个实用。就是joining valleys.上一帖图中峰下面有一根斜线,那就是背景扣除的界限。下面的面积被扣除。只计算背景线上方的区域作为条带定量的依据。

最麻烦的是设置marker参数。

点marker菜单,弹出设置窗口,上面是指定marker泳道位置的按纽。系统默认第一泳道为marker。但我们经常把marker放到另的泳道上去。这块胶上有两个marker,分别在第一与第十三泳道上,设定方法是:

点reset清除掉窗口,再点select/unsel...按纽。在第一与第十二泳道上分别点一下,窗口中会出现lane 1和lane 13字样,说明这两个泳道被指定为marker。


下一步要指定Marker中各条带的分子量。
1.点new按纽,出来一个新的窗口,最上面要起个名字(test)。
2.在下面的数字窗口中输入第一个分子量数字(2000)。点一下旁边的勾。
3.再点add按纽。
4.可见第一个分子量数据已经显示到窗口里了。
5.重复2、3输入全部的分子量数值。
6.点OK回到上一个窗口,可以看见marker的分子量已经输入。

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