| 网站首页 | 医学文摘 | 医学图片 | 医学动画 | 医学视频 | 医学课件 | 网络课程 | 医学电子书 | 医学考试 | 信息技术 | 雁过留声 | 资源论坛 | 

  没有公告

您现在的位置: 医学多媒体 >> 信息技术 >> 医学软件 >> 文章正文 用户登录 新用户注册
[组图]学习核酸序列分析软件DNAssist1.0         ★★★

作者:palmyard 文章来源:丁香园 点击数: 更新时间:2007-11-6

StepByStep学习核酸序列分析软件DNAssist1.0


我始终抱着这样的想法,“一个例子学会一个软件的基本使用”。其实用几分钟就可以学会那些我们经常需要使用的功能。感谢jnuxzzyh961171网友的加盟,让我们把领初学者进门的努力进行到底!

做DNAssist的StepByStep的时候,我想起了刚上博士的时候在实验室里,我们拿到测序结果时,通常要找个师兄弟,一个人“ATGC……”地高声念着期望的序列,一个人听着,“塔塔塔……啪”地三下光标一下空格键地把测序结果分成一个个密码子,看碱基序列和阅读框有没有出现错误。每当有节奏的“塔塔塔……啪”的声音响起,我们就知道,又有人的测序结果来了。那里可是一个巨牛的实验室啊!直到有一天有个人不经意地说,有个软件可以对测序结果的……


DNAssist可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNA,RNA和蛋白质的基本数据,对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示①对测序报告(序列比对);②DNA的物化性质、限制性酶切位点图谱分析;③分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。

1. 安装好DNAssist1.0后,从开始/程序中打开这个软件。

2.打开后的界面如图。

3. 现在我们来进行一个序列比对(Align)。我常这样对比测序报告;或看某个基因在融合蛋白基因的哪个位置等。这里说对测序结果。建立一个新的DNA序列,即file/new/DNA。然后把预期的DNA序列(如AB-CTB)拷进去。注意:只能是纯粹的ATGC,而不能有空格和其他字母,否则不能拷贝进去!

4.再同样新建一个DNA序列,把测序结果拷贝进去(自动编为sequence 0)。也要注意同上!因为测序结果里面有N,必须把这些N去掉,一个不剩,否则拷不过去!如果觉得好长的结果里面才有一个N而舍不得把序列都删掉的话,就把它换成ATGC中的一个就可拷贝了,不过要自己记住。

5.序列比对。用工具栏Analyze/Align...命令,出现Align sequences 窗口。将这两个序列的名称都点一下,选中,然后单击Align。

6. 哇!怎么这样啊!这么多没有对上?!再去看测序结果和原来从NCBI上找到的序列对不对……原来是用的反向测序,我们需要用反向互补序列来对结果。

7. 将测序结果(sequence 0)全部选中,用Convert/Reverse-complement(反向互补)命令把它换过来。

8. 然后再进行Analyze/Align……紫红色部分都是序列相同的。前面是几个是先头几个测序不太准的,不管它。中间有一个C变成了A,是我做的突变。

9. 再说DNAssist其他功能。一个是找开放阅读框(ORF)。用Analyze/Find ORF……命令可以找到阅读框。它从第一个ATG开始找,到遇见一个终止密码子为止。点Find next可以挨个找,点几下就什么都明白了。

10.分析DNA物化性质。用Analyze/Properties/Physicochemical命令,出现如下窗口。我们可以知道序列长度为441bp,ATGC各有几个,GC含量37%,单、双链时的分子量,退火温度等。

[1] [2] 下一页  


文章录入:myworld21    责任编辑:myworld21 
  • 上一篇文章:

  • 下一篇文章: 没有了
  • 【字体: 】【发表评论】【加入收藏】【告诉好友】【打印此文】【关闭窗口
    最新热点 最新推荐 相关文章
  • 幻灯片学习制作(技巧篇)

  • 幻灯片学习制作(之技巧提醒

  • 如何从网上下载国际巨头的PP

  • 在PowerPoint中插入视频的三

  • 给PowerPoint演示文挡来个大

  • 在同一幻灯片中设置多个设计

  • 关于幻灯片的小技巧

  • 论文答辩幻灯的制作体会

  • 毕业答辩幻灯制作技巧

  • 减小幻灯片文件的存储大小

  • (只显示最新5条。评论内容只代表网友观点,与本站立场无关!)